Makna lambang STISNU Nusantara, sebagai berikut:

1. Berbentuk Perisai dengan 5 sudut dan berwarna hijau: Menunjukan bahwa YBNC adalah prisai agama dan ahlussunnah wal jama’ah (Aswaja) Nahdlatul Ulama. Kemudian, 5 sudut dalam prisai adalah isyarat mudawamah dalam melaksanakn syariat yang termaktub dalam rukun Islam. Sedangkan warna hijau adalah warna khas Nahdlatul Ulama dan salah satu warna yang disukai Nabi Muhammad SAW.
2. Sembilan Bintang berwarna kuning emas, merupakan ejawantah takzim atas jasa Walisong sebagai bintang, dan panutan umat Islam Nusantara yang sudah menorehkan tinta emas untuk kemaslahatan ummat.
3. Tali terikat mati tanpa simpul; menunjukan bahwa NU adalah idealisme dan harga mati bagi YBNC. Wujud dari bagian keluarga besar Nahdlatul Ulama.
4. Benteng berwarna ungu merupakan identitas primordial ke-Tangerang-an, dalam rangka membentengi NU di Tangerang.
5. Buku berwarna biru adalah simbol pencerahan umat, karena YBNC lahir dalam rangka membuka wacana dan pencerahan keilmuan yang selalu dinamis
6. Peta Nusantara adalah mimpi besar YBNC mampu menjadi pusat kajian dan pengembangan intelektual nusantara dan memberikan manfaat dan maslahat untuk Nusantara Indonesia ini.